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Erstmals urkundlich erwähnt wurde Neuhausen auf den Fildern in einer Urkunde aus dem Jahr 1153. In der Urkunde erlaubte Kaiser Friedrich Barbarossa Graf Ludwig von Württemberg das Reichslehen Elfingen dem Kloster Maulbronn zu schenken. Zeuge dabei war neben anderen auch der königliche Ministeriale Ritter Berthold von Neuhausen.
Nach dem Ende der Stauferherrschaft suchten kleinere Ortsadlige Schutz bei mächtigeren Grafen. Werner II. übereignete im Jahr 1269 Neuhausen an die Grafen von Hohenberg. Sie verkauften Neuhausen im Jahr 1381 für 66.000 Gulden an Herzog Leopold den Frommen von Österreich. Damit war Neuhausen unter österreichische Oberherrschaft gestellt und wurde vom zuständigen Lehenshof in Innsbruck verwaltet. Fast 400 Jahre blieb Neuhausen Teil von Vorderösterreich. Bis Karl Alexander von Rotenhan die Lehensverträge ablöste. Damit galt Neuhausen als sein freies Eigentum. Im Jahr 1769 verkaufte er Neuhausen an das Fürstbistum Speyer.
Das Bistum Speyer wurde im Jahr 1803 säkularisiert. Die rechts des Rhein gelegenen Besitztümer - darunter auch das weitab gelegene Neuhausen-Pfauhausen - erbte das mit Napoleon verbündete Baden. Für knapp drei Jahre wurden die Neuhausener jetzt Untertanen des Markgrafen und Kurfürsten in Karlsruhe. 1806 zerschlug der französische Kaier Napoleon Bonaparte entgültig das Heilige Römische Reich Deutscher Nation und ordnete die politische Landkarte Deutschlands neu. Am 17. Oktober 1806 schlossen die aliierten Staaten Baden und Württemberg einen Vertrag, der den Tausch zweier württembergischen Orte gegen die Herrschaft Neu- und Pfauhausen vorsah.
Die ältesten Siedlungsspuren auf Gemarkung Neuhausen stammen aus der Jungsteinzeit. Mehrere aufeinander folgende Siedlungen über fast alle Stufen der Jungsteinzeit hinweg konnten im Gebiet der ehemaligen Lehmgrube in der Flur Unterere Egelsee nachgewiesen werden. Es wurden große Mengen an Gefäßscherben und Feuersteinwerkzeug gefunden. Besonders stark vertreten sind die Bandkeramik und die Rössener Kultur der älteren und mittleren Jungsteinzeit.
Startpunkt mit einer Schautafel ist der Parkplatz am Sauhag. Der Rundwanderweg ist rund 6,5 Kilometer lang. Insgesamt gibt es 9 Stationen und gut erhaltene metallzeitliche Grabhügelfelder und römische Anlagen. Die große Dichte der römischen villae rusticae dürfte in Zusammenhang mit der Versorgung des nur wenige Kilometer entfernt gelegenen Kastells Köngen-GRINARIO und dess Vicus zu suchen sein.
Im Jahr 2003 erschien das Heimatbuch ""Neuhausen auf den Fildern - Geschichte eines katholischen Dorfes", herausgegeben von Sönke Lorenz und Andreas Schmauder. Erhältlich ist es zu den üblichen Öffnungszeiten am Empfang des Rathauses.